En otros tiempos era lícito acusar, a quienes historiaban el pasado, de consignar únicamente las "gestas de los reyes". Hoy día ya no lo es, pues cada vez se investiga más sobre lo que ellos callaron, expurgaron o simplemente ignoraron. El queso y los gusanos narra la historia del molinero friulano Domenico Scandella, conocido como Menocchio, que murió en la hoguera por orden del Santo oficio a finales del siglo XVI.
Mediante los expedientes del proceso inquisitorial y de otros documentos que dan cuenta de sus actividades económicas y otros aspectos de su vida, Ginzburg reconstruye un fragmento de la llamada "cultura popular" o "cultura de las clases subalternas", condenada al ostracismo por quienes sostienen que la reintegración de las clases subalternas en la historia sólo es posible a través de la demografía y la socilogía. Así, el caso de Menocchio se erige, por su singularidad, en símbolo de su tiempo y en una especie de eslabón perdido de un mundo oscuro, difícilmente asimilable al presente, pero del que, de alguna manera, somos deudores.
